केन्द्रीय पशुपन्छी रोग अन्वेषण प्रयोगशालाको उद्देश्य निम्नानुसार रहेका छन्:
• पशु स्वास्थ्य क्षेत्रमा नियमित प्रयोगशाला निदान सेवा प्रदान गर्नु।
• प्राथमिकता प्राप्त रोगको निगरानी तथा अनुगमन कार्यक्रमहरू सञ्चालन गर्नु।
• राष्ट्रिय तथा अन्तर्राष्ट्रिय मापदण्ड तथा दिशानिर्देशहरूको पालना गरी रोग निदान, परीक्षण र प्रयोगशाला प्रक्रियाहरूको गुणस्तर र विश्वसनीयता सुनिश्चित गर्नु।
• रोगको स्वरूप, कारण र प्रभाव बुझ्न तथा त्यसको फैलावट र असर नियन्त्रण गर्न महामारी गराउने रोगको अन्वेषण गर्नु।
• प्रयोगशाला निदानमा राष्ट्रिय तथा अन्तर्राष्ट्रिय स्तरको प्रयोगशालाहरू र संस्थाहरूसँग सहकार्य गर्नु।
• पशुपन्छीका रोगहरूको निदानका लागि नवीनतम विधिहरूको अवलम्बन, स्थापित विधिहरुमा स्तरोन्नति तथा अन्य निकायहरुसँग साझेदारी गरी केन्द्रीय पशुपन्छी रोगअन्वेषण
प्रयोगशालाबाट सेवा सञ्चालन तथा मातहतका प्रयोगशालाहरूलाई सहयोग गर्नु।
• रोग नियन्त्रणलाई प्रभावकारी बनाउन प्राविधिक आधारमा माथिल्लो निकायमा सिफारिस गर्नु।
• पशु रोग निदानमा संलग्न प्राविधिक जनशक्तिलाई प्रयोगशाला निदान सम्बन्धी तालिम प्रदान गर्नु।
• संघ, प्रदेश तथा स्थानीय तीनै तहका पशुपन्छीका रोग निदान गर्ने प्रयोगशालाहरूलाई सुदृढ गर्न प्राविधिक सहयोग प्रदान गर्नु।